口袋妖怪火红打完三岛后任务的核心流程包括：返回博士处升级图鉴、获取七岛通行证、探索剩余岛屿并收集关键道具、最终挑战隐藏神兽。三岛剧情结束后，游戏会进入更开放的自由探索阶段，玩家需要系统性地完成岛屿任务链以解锁全部内容。
打完三岛剧情后，首要任务是返回真新镇找大木博士升级图鉴至386版本。需确保已捕获至少60种宝可梦才能触发升级条件。升级后的图鉴会显示全部七岛地图，同时博士会提示前往枯叶市码头与PC中心右侧的研究员对话。该研究员会交付红宝石回收任务，要求玩家前往1号岛的灯火山洞穴击败火箭队成员获取红宝石。此处洞穴需使用怪力技能推动岩石，在深处战胜火焰鸟后取得宝石。
取得红宝石后需返回研究员处兑换七岛通行证，正式开启四至七岛的探索权限。4号岛的关键任务是冰洞迷宫，需在滑冰场地利用岩石调整移动轨迹，最深处击败冰天王获取登瀑布秘传技能。5号岛需完成波克比蛋的孵化任务，与岛屿左上角的NPC对话获得蛋后，需步行约5000步孵化。6号岛南部的遗迹可捕获201号安侬，同时需用居合斩开启石门取得蓝宝石道具。
7号岛是剧情收尾关键区域，需在训练塔完成连续对战挑战后解锁超梦洞穴。该洞穴位于华蓝市左侧，需携带冲浪和攀瀑技能进入最底层。8号岛的山洞迷宫需按特定路线（右-下-右-左-下）前进，最终可遭遇洛奇亚。9号岛需解谜三角形机关至变红状态，触发地震后30级迪奥西斯会出现。所有神兽战斗前建议存档，并准备充足的精灵球与状态恢复道具。
最终阶段需将蓝宝石交还研究员，修复机器后解锁全图传送功能。可返回各岛屿查漏补缺，包括4号岛的技能教学、7号岛的安侬捕捉、以及各岛屿隐藏道具收集。全部任务完成后，游戏会解锁对战开拓区等终局内容，玩家可通过船票反复往返各岛屿继续完成图鉴。
